Uszkodzenia logiczne danych dotyczą struktury zapisu, a niekoniecznie fizycznego stanu nośnika. Mogą obejmować usunięte pliki, sformatowaną partycję, uszkodzoną tablicę partycji, błędy MFT, katalogów lub boot sektora.
Typowe objawy to zniknięcie folderów, komunikat o formatowaniu, partycja RAW, nieprawidłowe nazwy plików albo brak możliwości otwarcia danych mimo tego, że dysk jest wykrywany.
Najczęstsze przyczyny to przypadkowe usunięcie, szybkie formatowanie, awaria systemu, odłączenie nośnika podczas zapisu, błąd programu albo działanie złośliwego oprogramowania.
Przy uszkodzeniach logicznych kluczowe jest, aby niczego nie zapisywać na nośniku. Najpierw wykonuje się kopię posektorową, a dopiero potem analizuje strukturę systemu plików i odzyskuje dane.